Die Josua Kirche Dortmund wurde im Oktober 1989 von Tim und Sandy Carter, einem Missionarsehepaar der amerikanischen Liberty Fellowship, aufgrund eines direkten Redens Gottes gegründet. Tim und Sandy waren zuvor Mitarbeiter und Leiter im Christlichen Zentrum Wesel, dem heutigen Christlichen Centrum Ruhrgebiet. Nachdem die Arbeit zunächst im Wohnzimmer der Familie Carter begann, konnten bereits im Mai 1990 eigene Räume in Dortmund-Barop in der Rosemeyerstraße angemietet werden. Seit Januar 1991 wird die Josua Kirche in der Rechtsform eines eingetragenen Vereins geführt. Die Anfangsjahre unterstützten vor allem die Missionsgemeinschaft Jesus Leute und Joel und Debbie Hollingsworth, ein weiteres Missionarsehepaar aus den USA.

Der Name „Josua Kirche" wurde von Tim Carter gewählt und erinnert an Josua, der das alttestamentliche Volk Israel in das verheißene Land geführt hat. Josua zeichnete insbesondere aus, dass er nicht auf die Umstände sah, sondern an Gottes Verheißungen festhielt. So konnte er das Land einnehmen und dessen Früchte genießen. „Dem HERRN, unserem Gott, wollen wir dienen, und auf seine Stimme wollen wir hören!" Jos. 24, 24

Im Juni 1991 wurde Carsten Buck Pastor der Josua Kirche. Carsten und seine Frau Maria waren zuvor bereits als Mitarbeiter und Leiter in der Josua Kirche integriert. Tim und Sandy Carter gingen etwa zwei Monate später aus familiären Gründen in die USA zurück. Während die Zeit von Tim Carter durch die Gemeindegründung und durch Lobpreis und Gemeinschaft gekennzeichnet war, prägte Carsten Buck die Gemeinde vor allem durch biblische Lehre. Im Januar 1992 bezog die Josua Kirche größere Räume in Dortmund-Westerfilde in der Bockenfelder Straße.

Seit Januar 1997 ist Ralf Nietzke Pastor der Josua Kirche. Wie bereits Carsten Buck, waren auch Ralf und seine Frau Nicola zuvor als Mitarbeiter und Leiter integriert. Ralf Nietzkes Betonung liegt auf der Lehre des Glaubens und dem Wirken des Heiligen Geistes. Unter ihm ist die Gemeinde bis auf die heutige Größe angewachsen. Es erfolgten zwei weitere Umzüge: Im März 1997 in ein Bürogebäude in Dortmund-Körne in der Alten Straße und im März 2004 in ein größeres und schöneres Gebäude innerhalb der Alten Straße.